世凯的陆军总长4月调回北京，张镇芳和段祺瑞打白朗都没有原任黄河北的总兵的赵倜出色。赵倜1913年9月由豫北地区调任河南护军使，主管全省军务。
白朗主力进入陕甘后，赵倜率军尾追截堵，白朗军被逼入四川，遭川军阻击被迫返回河南，又被北洋军夹击，1914年8月溃败四散。赵倜任河南护军使时，段祺瑞的河南都督交由田文烈“兼护”。1914年平定白朗后，赵倜和田文烈颠倒了个个儿，赵倜由将军改任督军，田文烈由都督改兼将军。由此开始了赵倜8年河南土皇帝的统治，直到被冯玉祥赶走。
而陈善同则不擅军事，多次呈辞获免，由“豫西观察使”回调省府开封。此后当选为北洋政府时期的北京临时参议院议员。
作为旧吏和技术范领导，新督军赵倜还是很看重他的，1918年3月陈善同始任河南省实业厅厅长。实业厅长任上，他创建了开封马道街劝业场；在河南各县大兴工业，引进美国棉种分给各县种植，以此解决良种和高品质原料问题；设置专门机构各道署“桑蚕局”“美棉收购总所”，派人传授技术技能；河南最早一批现代工业开始兴起，杞县、商城造棉厂和郑州豫丰纱厂相继建立；他作为文化人在专注实业的同时，还提议创办《实业日报》舆论支持工业振兴，抵御外资侵袭；创立“实业学堂”培养专门人才，为后续发展蓄力。
1920年9月16日，陈善同调任河南省财政厅厅长。他又开始整顿全省厘税制度，清理原财长财厅账目，从而发现“枪价案”和豫泉官银“赈济案”，将之公诸于世。
原本以为提其财长能为自己聚财敛财的赵倜，大为不满，加上陈善同又与此际省长张凤台联名签署批准教育经费独立预算，触动了赵倜的基本利益，赵倜便暗下挤兑之心。次年，国会选举时，陈善同为其弟弟陈善榘运动连任议员，结果被赵倜借故开缺。迫其辞去财政厅长专任河南河务局长兼河南通志局局长。
1922年，第一次直奉大战后赵倜兄弟在河南的统治瓦解，冯玉祥继任河南督军。冯玉祥没有在河南履任许久，就被调到北京任“陆军检阅使”。当时吴佩孚是“两湖巡阅使”，大本营驻军洛阳，河南亦是其禁脔。联冯驱赵后挤走冯玉祥，河南就直接在其治下了，他派其24师师长张福来就任“督理河南军务善后事宜”，顶替了冯玉祥。
张福来对原任河南军政人员均无大的变动，省长仍是张凤台。原拟顶替陈善同的河南省黄河河务总局局长邓长耀是冯玉祥的人随冯去了北京，张凤台依然任用颇有人望的陈善同继任。
在黄河河务局任上，陈善同萦绕于心的始终是黄河河道治理。他勤于修守防险，重视近代河工技术应用，他防汛防灾赈灾一体统筹，组织水文测量专业队；为河道工段增设电话、水文站；挤资金购置测量仪器，组织水文测量队，兴修沿河修汽车道与铺设轻便铁轨，使河南境黄河得以安澜。他采取“以工代赈”的方法解决民工生活和劳力问题；赈济专款据实结算，尾款如数上缴，避免贪腐。但是在那个时代，陈善同不擅与官僚体系沆瀣一气，最得心应手的还应是在河南通志局局长任上著书立说上。河防之余，接续编纂前任吴永湘主编的《豫河志》初稿，于1923年付诸出版，后又呈准主编《豫河续志》，于民国十四年（1925年）成书，记述民国以来河南黄河的治理。他作序希望豫人要永矢勿忘先人治河恩泽，并揭露河工弊端，告诫后人要时刻警惕黄河潜在的危险。此外他留下的著作还有《樗园奏稿》4卷，及《春秋国际公约》《春秋集传例义辑要》《陈氏族谱》《先荆南公崇祀名宦乡贤录》等。
1924年，冯玉祥和陕西陆军第1师长胡景翼、第15混成旅旅长孙岳，趁第二次直奉战争之机，联手奉军掣肘打垮了曹锟、吴佩孚的直系政府。被扶持上去的段祺瑞临时执政任命胡景翼为河南省“督办”取代了张福来。同时，孙岳也被任命为河南省长，取代了张凤台。孙岳不愿来河南，想任直隶督办。孙就派了自己的参谋长何遂代理河南省长。后来孙直隶督办未果，作为冯玉祥“国民军副总司令和第三军军长”的他率部东走，击败了奉系李景林部，还是就任了直隶督办兼省长。
??随后而来的吴佩孚复起，直奉联手令冯玉祥国民军南口大败。胡景翼病死河南任上，其部下岳维峻接任。孙岳上海就医。何遂并未实任省长，后来任北京政府航空署长、国民军空军司令、北伐前黄埔军校“代校长”。
吴佩孚重起后自任“十四省讨贼联军总司令”，所讨之“贼”开始是冯玉祥，后来又是联合击冯的奉军张作霖张学良父子，还有掣后的北伐军。给他打头阵收复河南的就是两员大将：靳云鹗和寇英杰。
靳云鹗从鲁西南沿陇海铁路，寇英杰从鄂北沿京汉铁路，最后逼走岳维峻。靳云鹗一路顺风，寇英杰在信阳碰上蒋世杰硬是抗住过不去。最后寇绕道撇下信阳不管，才拿下郑州。可是吴佩孚任命寇英杰做了“河南督办”，却让靳云鹗做“河南省长”，靳云鹗不愿要这虚衔，拒辞不就。